Die Akademie staan onder gesag van die Akademieraad. Die lede van die Akademie behoort tot een van die volgende twee fakulteite: Fakulteit Kuns en Geesteswetenskappe en Fakulteit Natuurwetenskap en Tegnologie.

Binne die oorkoepelende Akademiedoelstellings streef elke fakulteit sy eie doelstellings na wat neerkom op besinning, beplanning, stimulering en advisering ten opsigte van sake wat die betrokke dissiplines raak.

Die Akademieraad word deur die lede verkies.

Die administrasie van die Akademie word deur sy kantoor in Engelenburghuis, Ziervogelstraat 574, Arcadia, Pretoria onder leiding van die Hoof Uitvoerende Beampte, tans prof. Anne-Marie Beukes, behartig. ’n Finansiële Kommissie sien na die bates, fasiliteite en finansiële belange van die Akademie om. Die Akademie se hoofinkomstebronne is ledegeld, skenkings, borgskappe, tantième en die opbrengs van beleggings.

Die werksaamhede van die Akademie is organisatories op grond van geografiese en vakwetenskaplike oorwegings gedesentraliseer en behels ’n verskeidenheid strukture, t.w. werkgemeenskappe en afdelings.

Daar is tans werkgemeenskappe van die Akademie in Bloemfontein, Kaapstad, Oos-Kaap, Potchefstroom, Pretoria, Wes-Kaap, die Vrystaat en Witwatersrand. Alhoewel die Akademie se werksaamhede nie tot universiteite beperk is nie, vorm universiteite nogtans die belangrikste setels van die Akademie.

Afdelings van die Akademie funksioneer op vakgrondslag binne die Fakulteit Natuurwetenskap en Tegnologie. Daar bestaan vyf afdelings, dié vir Biologiese Wetenskappe, Chemiese Wetenskappe, Geneeskunde, Wis- en Natuurkunde en Ingenieurswese.